肝胆管结石和胆囊结石不一样，其不同点主要表现在发生的部位、结石的成分、临床症状等。
肝胆管结石通常是指肝内胆管结石，发生在左右肝管汇合部以上的胆管内，其结石主要成分是胆色素，形成的主要原因是胆道感染和胆汁淤积。其临床症状主要取决于结石发生的具体部位，以及范围。没有明显临床症状者，通常不需要特殊治疗。如果反复引起胆管炎时，需要积极手术治疗。
胆囊结石是指结石发生于胆囊内，多数为胆固醇性结石，如果引起明显临床症状或者并发症时，通常需手术治疗。