肺部真菌感染是要住院治疗。肺部真菌感染是肺部严重的感染，此类疾病是需要通过住院详细的检查并规范的治疗，通过住院能更好的明确感染真菌的种类以及其药敏试验，才好选择敏感的抗真菌药物治疗。
而且肺真菌感染时其临床症状多较为严重，部分患者可有喘闷、发热、咯血等严重症状，此时患者因病情需要也要住院检查和治疗。对于肺真菌病的抗真菌治疗药物使用时间较长，而且有时还可以发生肝肾功能等相应的不良反应。因此，也要住院来观察药物疗效，并定期的复查。
当然，肺真菌感染通过抗感染治疗其病情好转、稳定，此时可以在院外口服抗真菌药继续巩固治疗，但要定期的来呼吸科随诊。