先天性胆总管囊肿的发病原因，目前还没有完全明确，但是通过大量的临床观察和总结表明，本病与先天性胆胰管合流异常、胆总管远端梗阻有关。
1.胚胎时期的胆道发育不良，比如胆管上皮细胞过度增生，胆管壁先天性弹力纤维缺失。
2.胚胎期胆总管、胰管未能正常分离，导致胰管和胆总管远端异常连接，结果使胰液反流入胆总管，引起胆总管反复发生炎症破坏其管壁的弹力纤维，使管壁失去张力而扩张。
3.胚胎时期的病毒感染，尤其是母亲被乙肝病毒，巨细胞病毒等感染引后可影响胎儿。
4.有些学者还认为，胎儿时期，腹腔内神经的发育异常，也可以引起先天性的胆管囊肿。