肝内胆管结石也是胆结石的一种，胆结石还包括胆囊结石和肝外胆管结石，任何种类的胆结石形成的病因相同，即任何能够导致胆汁成分改变的病因都可以诱发胆结石。
比较常见的有感染，包括消化道细菌的逆行感染、肝脓肿和胰腺炎等。还有胆道堵塞，比如胆总管囊肿、胰头癌或十二指肠肿瘤等。除此之外，胆汁淤积性肝硬化、胆道蛔虫病，一些自身免疫性或溶血性、代谢性的疾病，都可诱发胆结石。
目前，临床上对于肝内胆管结石的治疗，需要根据实际情况来进行对症处理，可以口服药物，也可以进行手术。