肛瘘手术不属于是较大的手术，但是任何手术也存在有风险。
如果是属于低位单纯性的肛瘘，手术简单，术后伤口小，容易恢复，治愈率较高。如果是高位性的复杂肛瘘，因为有可能存在有多条瘘管，瘘管的走向复杂，手术中要把内口和瘘管一并切开进行引流，还要兼顾避免损坏肛门括约肌功能。因此高位性的肛瘘手术较为复杂，术后的伤口创伤面较大，要注意伤口的消毒和换药，促进伤口快速愈合。
同时饮食也尤为重要，要避免吃辛辣、刺激的食物，避免便秘。