高位肛瘘手术不属于是大手术，但是手术治疗难度也稍大。
高位肛瘘因为内口较深，瘘管较长，外口可能存在有多个而且不容易找到，再加上直肠位置狭窄，手术过程器械操作困难，因此，较为复杂属于是一个大手术。为了避免肛门括约肌受到损伤引起肛门失禁，大多会采用挂线的手术方式。
术后要进行定期换药，促进创伤面的愈合，避免术后出现并发症导致排便功能出现障碍。饮食要避免吃辛辣、刺激的食物，多吃新鲜的蔬菜、水果，保持大便通畅，避免便秘导致伤口受到撕裂。