复杂性的肛瘘手术不是大手术，虽然不是大手术，但也属于是一个精细的手术。
复杂性的肛瘘因为瘘管较多，走向较复杂，有多个内口和外口，在手术中必须要及时探查，找到内口，并把内口和瘘管完全切除，并要做好引流。手术后进行输液，抗感染治疗。伤口局部要定期消毒和换药，每天坐浴促进伤口长出新的肉芽，防止出现假性愈合，导致肛瘘手术失败。
手术后要尽量减少活动，多卧床休息，饮食忌吃辛辣刺激的食物，并要多吃瓜果蔬菜，保持大便的软化通畅。