肛瘘手术是不是小手术，要根据具体的肛瘘类型而定。如果肛瘘是低位单纯性肛瘘，手术简单，可以算小手术。如果肛瘘是高位复杂性肛瘘，手术不能算是小手术。
低位单纯性肛瘘，瘘管位于肛门括约肌深部以下，只有一个瘘管，瘘管浅。手术直接将瘘管切开即可，手术操作简单、恢复快，复发率低，可以算作小手术。
高位复杂性肛瘘，主瘘管位于肛门外括约肌深部以上，有多个瘘管和瘘口，瘘管深。手术处理复杂，往往需要对瘘管经过的括约肌进行挂线，防止术后出现肛门失禁。术后恢复时间长，术后复发率高，不是小手术。