腱鞘囊肿可能会自己消失，主要见于体积较小，没有引起临床症状的腱鞘囊肿，并且囊肿内的囊液较少，随着时间的推移，可能会自愈。在此过程当中，患者应当避免用手过度挤压囊肿部位，也不要自行使用针刺破，可对局部进行适当的热敷等处理，能够促进囊肿的自行吸收。
如果腱鞘囊肿长期没有治愈，并且引起了一些临床症状，可以通过穿刺抽取的方法将积液抽出，然后向囊内注入醋酸泼尼松龙等药物进行加压包扎。
对于重度的腱鞘囊肿，在必要时可进行手术切除。