功能性消化不良可以通过补充促胃动力药、抑酸药、抗抑郁的药治疗。功能性消化不良主要是排除器质性的病变而引起，通常表现为腹胀、腹痛、嗳气、恶心、呕吐等临床症状。可以补充消化酶、多潘立酮促进胃肠蠕动，帮助消化和吸收。
上腹疼痛较明显的可服用抑酸药物，常用的有奥美拉唑、泮托拉唑等抑制胃酸的分泌，减轻胃酸对胃的刺激。
如果情绪过度紧张、焦虑，通过心理疏导不能缓解，可适当服用抗抑郁的药物治疗。日常要避免进食烟酒、非甾体抗炎药物等这些刺激胃黏膜的食物和药物。