手术的风险与患者的病情、个体差异和手术方案的选择，都有一定的关系。一般老年患者由于机体抵抗力、免疫力、手术耐受力相对较差，手术的风险相对较高。
单纯的胆总管取石风险相对较低。如果病情较重，出现了梗阻性黄疸或急性梗阻性化脓性胆管炎，治疗难度会提高。肝外的胆管结石，通常可采取胆管切开取石并放置T形管。
肝内的多发性胆管结石，则很可能需要进行肝叶切除，增加了手术的风险。此外，身体状况差，合并高血压、糖尿病的患者，手术风险更大。