肝囊肿引起的症状与肝囊肿的大小、位置，以及是否出现感染等症状，而具有不同的临床表现，一般在早期肝囊肿较小，症状不明显，患者多是在体检时发现有肝囊肿。
肝囊肿在不同的位置可引起不同的症状，如果在肝脏的实质中间，肝囊肿可能超过10公分以上才会有腹部不适症状，包括腹胀腹痛甚至引起肝功能改变等异常。
如果肝囊肿在边缘，没有压迫到胃肠道，囊肿在10厘米以下症状都不明显，如果囊肿偏大超过10公分，或对胃肠造成压迫，可引起腹胀不适腹痛等症状，如果肝囊肿合并感染，会出现发热、寒战、乏力等症状。