核酸肛拭子检测比较适合重点人群，例如医院发热门诊中怀疑患有新冠肺炎的人群，有消化道症状的人群，集中隔离观察的人群，入境人员以及密切接触新冠肺炎患者的人群。
肛拭子没有鼻拭子、咽拭子方便快捷，不适合街道、社区、全城等大规模的核酸检测。而且在不同程度上，会给患者带来心理压力，所以在一般情况下，并不普遍采用肛拭子的采样方法。但值得提醒的是，肛拭子不会比咽拭子和鼻拭子更疼，检测结果也能在6-24小时之内出来。