新冠肺炎核酸检测方法中，咽拭子与肛拭子的区别在于：
第一，适合人群的范围。一般咽拭子更加方便快捷，适合街道、社区、全城等大规模核酸检测。而肛拭子目前只针对与新冠肺炎患者密切接触的人员、感染新冠肺炎的患者、有消化道症状的人群等。
第二，对病人的舒适程度。咽拭子只需要在咽喉部分蘸取分泌物，一般不会造成损伤。而肛拭子可能在不同程度上给接受检测者带来心理上与生理上的不适感。
第三，检测的准确度。有些新冠肺炎患者的咽拭子转阴以后，其肛拭子检测结果仍然呈阳性。在这方面肛拭子检测可以提高新冠肺炎检出率，减少漏诊比例。