胆道肿瘤需要根据肿瘤的性质和病情程度选择相应的治疗方案，胆道的良性肿瘤，如大部分的胆囊息肉和胆道的囊肿，可观察随诊，也可进行手术切除。
胆道系统的恶性肿瘤，早期病例建议以手术切除为主，术后配合放化疗，以巩固和提高手术治疗效果，外科手术切除是胆道肿瘤目前唯一的根治性治疗，手术方式根据肿瘤部位及分型不同而采取相应的术式。
对于术后的放化疗，胆管癌属于对放疗不敏感的肿瘤，辅助性放疗只能提高患者生存率，对不可切除和局部转移的胆管癌经有效胆道引流后，放疗可改善患者症状与延长寿命，一般报道放射治疗的中位生存期为9-12个月。