午睡起来头痛可能与睡眠时间过久有关，由于在午睡时血流速度比较慢，容易造成大脑缺血以及血管扩张，睡觉时间过久就会导致脑部的缺血加重，在睡醒以后就可出现头痛的症状，但是持续时间比较短，在活动以后会逐渐缓解。
如果身体免疫力较低，在午睡时没有注意身体保暖，使身体吹风着凉有可能会引起病毒感染，导致病毒性感冒，就会出现头痛的症状，还会出现发热、打喷嚏等。
颈椎病在午睡时趴着睡觉，可能会导致颈椎病加重，也会导致头痛。