胰腺囊肿包括真性囊肿、假性囊肿和囊性肿瘤。少数假性囊肿无症状，仅在B超检查时发现。大多数病例临床症状，系由囊肿压迫邻近脏器和组织所致。80%～90%患者发生腹痛。疼痛部位大多在上腹部，疼痛范围与囊肿位置有关，常向背部放射。伴有恶心、呕吐、食欲下降、体重下降，常见于部分病例，发热常为低热，腹泻和黄疸较为少见。
囊肿如果压迫幽门，可导致幽门梗阻；压迫十二指肠，可引起十二指肠郁积及高位肠梗阻；压迫胆总管，可引起阻塞性黄疸；压迫下腔静脉，引起下腔静脉梗阻症状及下肢水肿；压迫输尿管，可引起肾盂积水等。纵隔内胰腺假性囊肿可有心、肺和食管压迫症状，常发生胸痛、背痛、吞咽困难、颈静脉怒张等。
如果假性囊肿伸展至左腹股沟、阴囊或直肠、子宫隐窝等处，可出现直肠及子宫受压症状。体格检查时，多数患者上腹部或左季部有包块可扪及。包块如球状，表面光滑，鲜有结节感，但可有波动感，移动度不大，常有压痛。