肝内胆管结石的治疗方法可分为保守治疗和手术治疗，具体的治疗方案手根据患者的病情程度而选择。
一般无症状的或症状较轻的肝内胆管结石的患者，可选择保守治疗方案，如卧床休息，给予抑酸护胃，解痉止痛、消炎利胆等药物。如果胆结石比较小，可以服用一些溶石和排石的药物，比如熊去氧胆酸胶囊、鸡内金、胆道排石汤、疏肝排石汤等，同时可以配合体外冲击波碎石等方式来进行排石。
如果保守治疗无效或患者的病情较重，通常需要手术治疗，治疗方法包括腹腔镜下胆管切开取石术、肝脏部分切除术、肝移植术等。