肝内胆管结石，是非常常见的胆道系统疾病。它的治疗要根据结石的大小及合并的症状，通常无症状的结石可不采取治疗，仅定期复查即可。部分结石较小，症状较轻的患者可采取药物排石。
但目前临床上，它的治疗主要是依靠外科手术，治疗时需要注意去除病灶，取净结石，矫正胆管狭窄，通畅胆汁引流，防止结石复发。
根据肝内胆管结石的分布，数量和胆管的狭窄情况，肝脏的病理改变，肝功能情况，来制定个体化的治疗方案。可以选择的手术方式包括，胆管切开取石、肝部分切除、肝门部胆管狭窄修复重建手术，以及肝脏移植手术。