如果患者有黄疸症状，而且通过临床检查已经明确是由肝内胆管结石引起的，这种情况下大多都需要手术治疗。肝内胆管结石既可以由于梗阻，造成胆红素升高，也可直接刺激肝脏，造成肝功损害，引起黄疸。如果不及时治疗，除了会使病情进一步加重外，很可能会诱发肝衰竭。
目前对于肝内胆管结石的治疗，要结合结石的数量、大小、位置等。对于单发的，位置靠下的结石，手术方式首选胆管切开取石。
如果结石数量较多，位置较深，可能需要连同附近的肝脏组织一并切除，如果肝损害较严重，可能需要进行肝移植。