骨髓炎可以进行手术治疗，但只针对于保守治疗效果不佳，特别严重的骨髓炎。
手术的方式也有多种，比如穿刺吸引术，通过手术减轻骨髓腔的压力，防止炎症向上下扩散，并且对病灶处进行穿刺吸引。然后向腔内注射抗生素类的药物，抑制感染的加重。
如果在进行X线检查时，发现局部骨质已经受到了破坏，还可进行开窗引流术。如果死骨较大，可通过手术将死骨取出。对于特别严重的骨髓炎，久治不愈，并且合并多处窦道，应当考虑进行截肢术。在术后还需配合使用抗生素类药物治疗。