肝包虫病治疗以手术为主，根据病情及有无并发症选用不同的手术方法，手术原则是彻底清除内囊，防止囊液外溢，消灭外囊残腔。
对不能外科手术治疗或术后复发经多次手术不能根治者，可用药物治疗，药物治疗以杀虫药物为主，可以口服甲苯咪唑的吡喹酮等，在医生指导下，长期服药可使包虫囊肿缩小或消失。
但因为肝包虫会在肝脏内形成一种包膜，阻止药物的进入，所以药物治疗效果不好，需要结合手术，大部分患者在经过积极的治疗过后，病情可痊愈。