当重症肌无力导致肌肉萎缩的时候，可以采取以下方式进行治疗：
首先，应积极地治疗原发病，常用的药物主要包括抗胆碱酯酶药物、糖皮质激素，使病情趋于平稳，伴有胸腺增生或肿大，可采取手术治疗。
其次，当重症肌无力病情平稳时，应该进行系统的康复治疗，运用现代的康复技术和传统中医的康复方式恢复肢体的功能；可以增加一些的运动训练，帮助肌萎缩的肌肉逐渐的恢复。目前常采取的治疗方式，包括运动治疗、器械治疗、有氧训练、针灸推拿治疗、物理因子治疗等。