森林脑炎可通过体格检查、实验室检查、脑电图以及心电图等检查，给予诊断确诊。
医生会通过体格检查，明确患者是否存在颈项强直等脑膜刺激征，同时还要明确是否有瘫痪症状，以及瘫痪部位和瘫痪程度。
实验室检查主要包括血常规检查、脑脊液检查、免疫学检查、分子生物学技术检查以及病毒分离检查，通过这些检查可明确是否存在白细胞升高，是否存在感染，同时可明确有没有颅内感染、脑脊液压力升高，也能明确感染致病菌的类型。
通过脑电图检查，可明确脑部是否存在异常放电，便于评估脑功能情况；通过心电图检查，可明确心率是否存在异常，是否存在心肌损伤。
经过上述一系列检查，结合检查结果综合进行评估，可诊断确诊是否患有森林脑炎。