森林脑炎可能会有后遗症。
但如果是轻症患者，并且能够及时对症治疗，可使病情得到较好的控制，预后良好，一般不会遗留明显的后遗症。如果是重症患者，则可能遗留不同程度的后遗症，甚至可能会引发死亡的危险。森林脑炎可能会遗留认知障碍、言语障碍、脊神经瘫痪等后遗症，主要表现为记忆力下降、说话吐字不清、肩胛肌瘫痪等。
此外，患者还可经常反复出现剧烈头痛的后遗症，严重时还可伴有颈项强直、恶心等脑膜刺激征的后遗症。因此，针对森林脑炎应及时对症治疗，尽量减少和避免后遗症出现。