肛瘘当然会引起肛门疼痛。肛瘘在肛门周围有外口，在肛隐窝处有内口，内口和外口之间有瘘管。
由于直肠内的压力偏大，压力的作用会导致直肠内的污染物质持续不断的进入瘘管，会出现反复的瘘管感染。一旦出现感染就会导致疼痛，所以肛瘘会引起反复的肿痛。
瘘管内就会出现积脓，随即外口会破溃，脓液流出，症状随之缓解。肛瘘的患者只有通过手术治疗，才能完全治愈，所以建议患者当患有肛瘘时，应及时去医院行手术治疗。