肛瘘引起肛门瘙痒是因为经常溢出液体，刺激肛门皮肤引起。
肛瘘的形成大多是由于肛周脓肿自行破溃或做切开引流后，没有处理好伤口形成，属于化脓性的炎性疾病。肛瘘由内口、外口和瘘管三部分组成，在急性发作期时内口会分泌大量的脓性分泌物，经过瘘管到达外口，从外口溢出肛门引起肛门潮湿。这些分泌物含有大量的细菌会刺激肛周的皮肤，从而引起肛门瘙痒，还有可能会引起肛周湿疹。
临床治疗肛瘘主要是通过手术治疗，术后对伤口消毒换药，配合清热解毒的中药坐浴，促进伤口愈合才可以治愈肛瘘。