肛瘘引发患者出现肛门疼痛情况，可以用稀释高锰酸钾溶液清洗肛周组织，同时可以进行坐浴治疗，有比较好的消炎、消肿以及镇痛作用。
如果家里暂时没有高锰酸钾，可以先用温盐水清洗肛周。在清洗之后，可以在肛管内塞入痔疮栓等药物，可以有效改善疼痛情况。
这些处理措施只是暂时改善患者临床症状，如果想根治疼痛情况，需要患者及时就医治疗，去肛肠科就诊。在医生检查以后，明确肛瘘病变的严重程度，选择相应的手术方案。例如：肛瘘瘘管切除或挂线疗法等，根治肛瘘病变，才能够根治肛门疼痛症状。