肛门感染可能会引起肛瘘。肛门感染的患者严重的会在肛门周围间隙内出现化脓性感染，会形成肛周脓肿，而肛周脓肿破溃或者经手术切开引流后，就会演变成为肛瘘。
但并不是所有的感染都会引起肛瘘，肛瘘大多是由于肛周脓肿演变而来。对于其他类型的肛门感染并不会引起肛瘘，例如肛周炎、肛窦炎、肛管炎等，这些疾病一般不会直接引发肛瘘的形成，但这些疾病有可能会增加肛周脓肿的发病概率，从而间接地引发肛瘘的形成。
所以患者出现肛门感染时，需要及时通过使用抗生素控制感染，以防止感染继续加重，而导致肛周脓肿以及肛瘘。