一觉睡醒头疼的原因有很多。睡醒是一个从休眠状态转为觉醒状态的过程。血压的波动、神经活动的加剧、以及颅内压升高，都是睡醒后头痛的可能病因。同时，睡觉时身体血液流速减慢，导致分配给大脑的血液也会减少，从而会引起缺血、缺氧的症状，导致头痛。
如果睡眠时间过短，身体得不到充分的休息，大脑长期处于疲劳的状态，也会引起头晕、头痛的症状。
因此，睡眠时间过短、过长都会造成睡醒后头痛的症状。偶尔的轻微的睡醒后头疼，一般不需要过多的担心，通过充分休息后，头痛会得到自然缓解。