胆道蛔虫病与肝蛔虫病药物治疗的主要目的是解除胆道及Oddi氏括约肌痉挛，缓解疼痛，排出钻入胆管内的蛔虫，预防和治疗感染及驱蛔治疗。一般不用使虫体痉挛性收缩的驱蛔药，如驱蛔素、驱虫丹等，多用麻痹蛔虫虫体的驱虫药。
目前常用的治疗胆道蛔虫病的驱虫药有甲苯咪唑、左旋咪唑、阿苯达唑、肠虫清、噻嘧啶、抗虫灵等。解痉止痛的药物包括阿托品、派替定。
此外，维生素K3肌注或穴位注射可使胆绞痛缓解。抗生素一般临床上不主动应用，但对可疑并发感染或已经证实有感染者可应用。