低位肛瘘一般主要是由于肛腺感染等情况造成的，会引起肛门外口流脓流水，同时伴有局部反复炎症刺激，造成相关的症状。主要跟痔疮引起的水肿相鉴别，一般痔疮引起局部疼痛，同时伴有有物脱出、便血等情况，通过相关的检查就能明确诊断。
也可以和骶尾部畸胎瘤相鉴别，此病主要是胎盘时期发育异常，属于先天性疾病，主要发病于青年。 手术中可见腔内有毛发、牙齿、骨骼等情况，通过病理切片就可以鉴别相关疾病。无论是什么原因造成的，首先需要先到医院肛肠科就诊，医生通过相关的检查就能够明确诊断。