目前，对于肝外胆管结石，临床上建议以手术治疗为主。
虽然胆总管的直径较粗，但是胆总管末端经过十二指肠乳头进入胃肠道的地方比较狭窄，而且这里有大量的胆道肌肉。因此一些很小的结石，也有可能在此造成嵌顿，引起梗阻，造成一系列的临床并发症。
当然，理论上肝外胆管结石如果较小，没有引起症状或者症状较轻，是可以通过定期的复查或者应用药物进行保守治疗的。治疗的方式主要是对症处理并发症，包括腹痛、发热、食欲不振、恶心、呕吐，但保守治疗的效果通常不甚理想。