肝内胆管结石根据结石的数量，大小、位置以及并发症的不同，而采用不同的手术方案。常规的手术方案包括传统的开腹手术和腹腔镜手术治疗，随着科学技术进步和医疗水平的发展，绝大部分的胆结石手术都以腹腔镜微创为主。
如果结石数量较少，位置较靠近肝总管，临床上多采用肝总管切开取石.在医院的手术等级划分中，这种手术属于三级以上的手术，手术过程较复杂，手术难度较高。
除此之外，如果肝内胆管结石位置较深，数量较多，可能需要进行肝脏组织的部分切除和肝移植，手术复杂程度会进一步提高。