肝内胆管结石本身是一种良性的病变，是各种原因导致的胆汁成分改变，胆汁内的盐性成分堆积而形成的。常见的致病原因有感染、胆结石、胆道梗阻等，饮食、性别、年龄、生活方式等因素也会影响胆结石的患者。
如果肝内的胆管结石没有积极治疗，病情迁延不愈，是有可能诱发癌变的，但是癌变的几率相对较低，而且因人而异。如果患者家族中有肝癌病史，或者患者合并乙肝、肝硬化等疾病，癌变的风险肯定会提高，而且年龄大的患者，患癌的概率要远远高于年轻的患者。
因此，临床上建议胆结石要积极的治疗，定时的复查，防止癌变。