扁平疣留下的色素斑想要祛除，主要是选择使用外用药膏或者是物理治疗手段。但是，具体是选择哪一种外用药膏和物理手段治疗，则要依据色素斑的形态来决定。
如果是灰色、黑色的色素沉着，则可以选择外用氢醌霜或者是壬二酸乳膏，也可以选择使用光子570或者是调q1064激光。
如果是红色的持久性红斑，则建议在局部涂抹多磺酸粘多糖乳膏或者是积雪苷霜乳膏，然后也可以选择使用光子540或者是调q532激光进行辅助治疗。