目前去除扁平疣主要有两种方法。
一、物理治疗。一般就是采用激光、电灼、液氮冷冻等方法来破坏疣体。若疣体较大，有时一次不能根除，可能需要多次进行。
二、外用药物。一般主要是以水杨酸、咪喹莫特乳膏、干扰素、酞丁安等药膏为主。见效较慢，且有色素沉着的可能，需坚持一定时间。
需要注意的是扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起，与免疫力低下、劳累等有相关性，所以去除扁平疣后仍有复发的可能。目前临床上也会通过部分药物提高机体免疫力，达到预防和治疗扁平疣的目的，如转移因子等药物。