激光治疗扁平疣有可能会留下疤痕，不过还是要具体情况具体分析。
如果患者扁平疣的面积不大，不超过指甲盖大小，而且没有明显的凸起于面部，说明患者扁平疣长得不深，这种情况只要在正规的医院选择有经验的激光手术医生，通常是不会留下疤痕。
但是如果患者扁平疣的面积比较大，单个的疣体已经超过指甲盖大小，而且扁平疣明显凸起于面部皮肤，说明患者扁平疣的根部比较深，要想完全将病毒疣清除就很可能留下疤痕。