酸碱平衡失调不能直接引起克罗恩病。目前，知道一些相关因素，如细菌感染、饮食因素、自身免疫因素等。有人认为此病还与创伤或心理因素有关，是多种因素共同作用的结果。
在这些因素中，克罗恩病被认为与肠道菌群紊乱或某些细菌感染有关。自身免疫性疾病也有很大的相关性，因为除了肠道病变外，很多人身体其它部位也会有免疫相关病变，如结节性红斑或关节炎、关节病变等免疫相关疾病。
所以现在很多专家认为克罗恩病的发生与自身免疫有很大关系。