如果是由于细菌、病毒对肠道黏膜造成损伤，修复时可以选用益生菌、抗病毒、抗感染药物进行治疗，起到修复肠黏膜的作用。
如果是由于肠道炎症引起的肠黏膜损伤，可以使用庆大霉素普鲁卡因胶囊进行治疗。如果肠黏膜损伤情况比较严重时，可以服用蒙脱石散、复方黄连片等药物治疗。
平时还需要多注意不能吃刺激性过强的食物，可以适当地吃一些具有保护肠黏膜作用的食物。想要修复肠黏膜具体的用药情况需要在医生面诊后，根据引起肠黏膜损伤的病因及严重程度，选择相应的药物治疗，不能够盲目自行选择药物。