修复肠道黏膜的药物主要包括肠黏膜保护剂、益生菌、抗生素。肠黏膜保护剂主要包括有蒙脱石散、硫糖铝，可吸附肠道内的气体和有害毒素、细菌，能促进黏膜的修复，并在肠道黏膜表面形成保护膜，对肠道功能的恢复有较好的作用。
如果肠道内的黏膜出现溃疡面，可使用柳氮磺吡啶肠溶片，这种药物能够治疗溃疡性结肠炎、克罗恩病，能起到抗炎、消毒，促进黏膜修复、愈合的效果。
肠道益生菌，比如双歧杆菌、布拉斯酵母菌，能够促进肠道的菌群平衡，有利于促进肠道黏膜的修复。抗生素主要包括有诺氟沙星、环丙沙星、庆大霉素等，可以杀死肠道内的细菌，促进肠黏膜的修复。