胆囊萎缩会引起消化不良发生，因为胆囊萎缩后胆囊体积缩小，胆囊失去浓缩和储存胆汁的功能。
当进食含脂肪或胆固醇较高的食物时，因胆汁不足无法使脂类物质充分吸收，有可能会引起消化不良而出现腹胀、腹泻等症状。因此，如果有胆囊萎缩的人，在日常饮食上需要注意免吃高胆固醇、高脂肪类的食物，多吃新鲜水果、蔬菜等高纤维素以及鱼虾等高蛋白质的食物，提高自身抵抗力，同时定期复查。
如果结石性胆囊萎缩，经常引起腹胀、腹痛等症状时，可以考虑行胆囊切除手术。