肝包虫病的患者不建议进行活检，因为肝包囊内可能还有大量的包虫，穿刺活检时容易将包囊刺破，使囊内的包虫进入腹腔，造成更为严重的并发症。
目前临床上对于肝包虫病主要以手术治疗为主，手术原则是清除内囊，防止囊液外溢，同时消灭外囊残腔，注意预防感染。
部分病情较轻的患者可以应用阿苯达唑、甲苯达唑、苯丙米唑药物等。对于手术治疗的患者，具体的手术方法要依据包囊的大小，有无胆瘘和感染以及钙化决定。目前临床上最常用的手术方法是内囊摘除术。