脑神经损伤应该针对导致损伤的病因，采取相应的治疗方法。
临床上能引起脑神经损伤的疾病，包括脑中风、脑炎、脑膜炎、严重的脑外伤、中毒、周围神经病变等。
如果是脑梗死引起的，发病的早期，应该进行溶栓治疗、血管内介入治疗或者是内科保守治疗。如果是脑出血引起的，应该调整血压、降低颅内压、减轻脑水肿和营养神经等治疗，病情严重的，可能需要开颅手术清除血肿。如果是颅内感染所导致的，应该针对引起感染的病因进行治疗。
细菌引起的脑神经损伤，需要使用抗生素进行治疗。病毒引起来的，可以使用一些抗病毒的药物。一氧化碳中毒也会导致颅神经的损伤，这个时候主要是通过高压氧治疗，以及对症治疗来促进脑神经康复。