肝外胆管结石的患者需要根据实际病情选择对症处理。一些不引起临床症状的胆结石，可以不治疗，仅需要定期的观察和随诊。
一些直径较小的结石，可以通过饮水和运动，或者进行药物溶石和排石治疗，常用的药物有熊去氧胆酸、鸡内金和金钱草；以及一些中药配方，比如胆道排石汤、消炎利胆汤等。
但是对于绝大多数的肝外胆管结石患者，由于胆结石可能造成胆道梗阻，引起梗阻性的黄疸和一系列肝损害，使病情加重。因此目前临床上主张以手术治疗为主，手术方式包括传统的开腹手术和腹腔镜下微创手术治疗。临床首选腹腔镜下胆管切开取石术，它具有创伤小，恢复快等优点。