肺炎衣原体阳性有自愈的可能。
肺炎衣原体阳性提示可能近期存在有肺炎衣原体感染，一般情况下肺炎衣原体感染存在一定的自限性的，多数病例不经治疗可以自愈。但是，由于症状有时会比较重，且延续的时间比较长，还可能出现一些肺外表现。
所以，一般感染了肺炎衣原体后，应该根据症状尽早地给予治疗，可以减轻症状及缩短病程。而如果是无明显症状，只是肺炎衣原体阳性者，则可以不予治疗，注意复查。
衣原体感染的治疗抗生素，首选红霉素、罗红霉素、阿奇霉素，疗程一般在2~3周，对于咳嗽剧烈者需注意给予镇咳治疗。同时，注意休息，多饮水，给予对症支持治疗。