衣原体肺炎有自限性，不进行治疗也有可能自愈，但是时间会比较长，也有可能会留下后遗症，对身体健康造成伤害。一旦被感染衣原体肺炎，建议及时去医院治疗，有利于衣原体肺炎的恢复。
被感染衣原体肺炎后，通常会出现咳嗽、打喷嚏、咽喉疼痛以及发热的症状。如果不及时治疗，还有可能会出现呼吸困难，引发心肌炎和脑膜炎，对身体健康造成极大伤害。
衣原体属于一种细菌感染，在治疗上一般使用抗生素，因为抗生素可以减轻肺炎的临床症状，帮助衣原体肺炎康复，常用的药物包括大环内酯类和喹诺酮类。