少部分的肺炎衣原体感染是可以自愈的，通常发生于基础体质较好的患者，可以通过自身抵抗力而达到治愈的效果。
但绝大多数的肺炎衣原体感染后是需要进行抗感染治疗的，正规的抗感染治疗不仅能够缩短衣原体感染的病程，也能避免或减少并发症的出现。
衣原体感染后患者通常表现为发热、咳嗽、呼吸困难等症状，需要注意的是衣原体对很多抗生素不敏感。因此，衣原体感染后应根据药敏实验选择敏感的抗生素治疗，最常用的是大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、罗红霉素等。