衣原体肺炎是会发生传染的，但其传染性不强，不属于传染性疾病，没有必要引起担心。
衣原体肺炎的患者在其咳嗽或打喷嚏时，可以把衣原体以飞沫的形式经气道咳出，使其飞沫悬停空气中，当周围健康的人其抵抗力逐渐下降时，易受到此些飞沫的传染而患病。
衣原体肺炎的患者，当其发病时，要予以相应的管控治疗，嘱其适当的戴口罩，痰液不要随地的乱吐，痰液要吐于密闭的容器之中。患者早期予以相应的敏感的抗生素抗感染治疗，多选用呼吸喹诺酮类的消炎药物，例如左氧氟沙星或莫西沙星抗感染治疗，有时还可以使用大环内酯类的抗生素，如阿奇霉素抗感染治疗。
当衣原体肺炎经过有效的抗生素抗感染治疗后，其传染性会明显的下降。当周围健康人与患者接触时，也应该保持室内空气的通畅，注意手卫生等，必要时健康人也可以戴口罩，进行相应的防护等处理。