肺炎支原体弱阳性是否会自愈，要视患者的病情而定。肺炎支原体IgM抗体弱阳性，多提示患者有肺炎支原体感染，而且处于早期。此时，如果是肺炎支原体导致急性支气管炎，患者病情并不重，有可能会自愈。因肺炎支原体感染有一定自限性，患者此时注意休息，多喝一些温开水，观察处理。
但对于肺炎支原体感染形成肺炎时，此时不能自愈，患者一定要积极抗感染治疗，例如选择氟喹诺酮类、大环内酯类有效的抗生素治疗，使其尽快地更好地痊愈。
故当发生肺炎支原体感染时，要判断其病情的严重性，对于病情较重或者症状比较明显的患者，应该积极抗炎对症治疗。